臺北市立陽明高級中學：核定總班級數：62 班〈高中部：普通班 36 班、特殊班 1 班、體育班 3 班；國中部：普通班 17 班、特殊班 1 班、學資班 1 班、體育班 3 班〉，下設 4 處 2 室 1 館、主計機構、人事機構。

本校各單位執掌如下：

• 校長室
  綜理全校業務及其他有關事項。
• 教務處 
  負責高國中教學、學生註冊及升學報名、教學設備、專科教室管理、教師研習進修、特殊教育等業務及其有關事項。
• 學生事務處 
  負責學生活動、生活輔導、生活教育、衛生保健及體育活動等業務及其有關事項。
• 總務處 
  校內公物維修管理、校舍及財產管理、環境綠美化、公文及檔案管理、各類公務款項收支、工友管理等業務及其有關事項。
• 輔導室 
  負責學生輔導、友善校園、生涯輔導及生涯規劃及性別平等教育等業務及其有關事項。
• 圖書館 
  辦理各項圖書服務、資訊計劃及資訊設備維護更新等業務。
• 研究發展處 
  負責高中優質化、課程與教學領先計畫、臺北市優質學校評選、高國中校務評鑑等專案性業務及學校行銷及其他有關事項。
• 教官室 
  負責高國中學生生活輔導、春暉專案執行宣導、軍訓後勤相關業務、校園安全維護、重大災害應變處理、課程編修、教學與成績研究等業務及其有關事項。
• 人事室 
  負責教職員工組織編制、任免遷調、待遇福利、獎懲考核、訓練進修、各項保險、人事資料及其他有關事項。
• 會計室 
  負責辦理歲計、會計、統計等事項。